Юрий Иванович Манин родился 16 февраля 1937 г. в г. Симферополе. С юношеских лет стал серьезно увлекаться математикой после знакомства с работой И. М. Виноградова «Основы теории чисел». В 15 лет Ю. И. Манину удалось получить обобщение известной формулы для числа целых точек в круге. Работа была послана И. М. Виноградову и заслужила его положительный отзыв. В 1958 г. Ю. И. Манин окончил Московский университет. В 1961 г. там же защитил кандидатскую, а через два года докторскую диссертацию.
С 1960 г. он работал в Математическом институте АН СССР и с 1965 г. — также в Московском университете, профессор (1967). Ю. И. Манин является учеником И. Р. Шафаревича. Его основные труды посвящены алгебраической теории чисел, алгебраической геометрии и теории алгебраических групп.
Английский математик Морделл высказал в 1922 г. предположение, что число рациональных решений неопределенных уравнений высших степеней с двумя неизвестными (высшего «ранга») всегда конечно. В 1963 г. Ю. И. Манин рассмотрел аналогичный вопрос о функциональных решениях таких уравнений и доказал аналог проблемы Морделла для функциональных полей. Доказательство опирается на созданный Ю. И. Маниным метод дифференциальных операторов на алгебраических многообразиях, зависящих от параметра. Этот метод может быть применен к изучению ряда других важных задач алгебраической геометрии. Важный вклад Ю. И. Манин внес в разработку теории алгебраических групп, то есть объектов, в которых естественным образом объединяются структуры алгебраического многообразия и группы. Эта теория играет большую роль в алгебраической геометрии.
За цикл работ по теории алгебраических кривых и абелевых многообразий в 1967 г. Ю. И. Манину присуждена Ленинская премия. Долгое время работал в Институте математики им. Стеклова АН СССР. В 1992 г. переехал в Германию и там стал директором Института математики Макса Планка в Бонне.
Книга «Линейная алгебра и геометрия», написанная в соавторстве с А. И. Кострикиным (1929–2000), выдержала несколько переизданий, является одним из лучших учебников для студентов механико-математических специальностей, посвящена изложению фундаментальных понятий и аппарата линейной алгебры и родственных ей разделов геометрии.