Владимир Борисович более пятнадцати лет преподает на кафедре вычислительных технологий Новосибирского государственного университета. В разные годы читал курсы «Математические модели в естествознании и экологии», «Математические модели в экологии», «Концепции современного естествознания». В настоящий момент преподает спецкурс «Технологии разработки информационных систем научной тематики», ведет практические занятия по курсам «Вычислительные методы линейной алгебры», «Математическое моделирование».
Среди научных интересов Владимира Борисовича — информационные системы научной направленности, систематизация и классификация информации, вычислительные методы в волновой гидродинамике. Он является заместителем председателя совета научной молодежи Сибирского отделения РАН, председателем совета молодых ученых Института вычислительных технологий СО РАН, членом ученого совета ИВТ СО РАН. В. Б. Барахнин — соавтор учебников «Введение в численный анализ», «Сетевые базы данных» и др.